MiBioGate est un consortium créé en 2017 résultant de la conjonction de deux éléments. Le premier est la réponse à un appel à projet de la région Pays de la Loire visant à fédérer des laboratoires ligériens autour d’une thématique commune et de dynamiser et structurer la recherche partenariale. En parallèle de cette opportunité, l’émergence des axes de recherche reconnaissant le rôle joué par le microbiote intestinal dans la santé et des maladies au sens large du terme, a permis de concrétiser la naissance du consortium sous une thématique de recherche commune : « l’étude des barrières d’organes et leurs microbiotes ».
Il y avait peu de recherches sur le microbiote dans le Grand Ouest, l’émergence était beaucoup à Paris. À TENS, nous avons pris le lead car l’on s’intéressait déjà à un organe (le tube digestif) dans lequel le microbiote joue un rôle important.
TENS (UMR 1235 Inserm/Nantes Université)
et porteur du projet MiBioGate
L’objectif principal de MiBioGate est d’étudier les microbiotes de différents organes qui peuvent jouer un rôle dans des maladies notamment chroniques. Les partenaires étudient aussi les interactions potentielles entre ces microbiotes et ces dysfonctionnements d’organes, ce qui peut altérer ces interactions et les conséquences induites. Pour atteindre cet objectif, il faut réussir d’autres buts sous-jacents :
- développer des outils, des approches innovantes qui permettent d’étudier les modifications des microbiotes d’organes, par exemple avec des techniques d’imagerie innovantes comme la tomographie à cohérence optique ou encore des outils bio-informatiques pour intégrer toutes les données multi-omiques et déduire de nouvelles hypothèses.
- générer de nouvelles hypothèses, sur l’implication de populations bactériennes, du microbiote ou des facteurs métaboliques dans la survenue des lésions des fonctions de barrière observées dans ces pathologies d’intérêts dans les organes d’intérêts.
- identifier en quoi dans ces mécanismes physiopathologiques, un nouveau mode de communication entre le microbiote et les épithéliums, les vésicules extra-cellulaires, peuvent être impliquées.
© Inserm Grand Ouest
C’est dans ce cadre qu’est né le consortium MiBioGate, un projet collaboratif qui regroupe plusieurs Unités Mixtes de Recherche du Grand Ouest*.
Un projet collaboratif
Plusieurs laboratoires et partenaires se sont associés pour déposer le projet et d’autres partenaires l’ont rejoint au cours du processus de dépôt. Il y a eu un travail de co-construction entre membres et plus particulièrement avec de nouveaux partenaires qui ont notamment permis une maturation, une consolidation et une amélioration du projet en apportant de nouvelles idées et de nouveaux concepts. Cela a été possible également grâce au soutien de certains industriels. Une des étapes fondamentales pour la réussite de ce projet a donc été de structurer le réseau pour que tous contribuent.
Première étape du projet : identifier les envies et les besoins pour fédérer les acteurs.
Dans un premier temps, le plus important a été d’identifier les attentes et les apports de chaque membre pour ce projet,à l’aide d’entretiens individuels menés par Carine Gimbert, la gestionnaire du projet et Pierre-Etienne Sado, grant manager et chargé de valorisation.
Je suis à l’interface entre les différents acteurs. Au début, c’est moi qui faisait le lien entre eux et je me suis occupée d’organiser toutes les réunions et séminaires autour du projet
Ces entretiens et nombreuses réunions scientifiques ont permis de préciser les moyens expérimentaux à mettre en œuvre, l’engagement et l’organisation souhaités entre les partenaires. Et afin de mener à bien les objectifs scientifiques identifiés, 5 projets de thèses avaient été proposés, tous dirigés en co-tutelle par un binôme de chercheurs des différents laboratoires membres de MiBioGate :
- Thèse 1 : Étude des Dysfonctionnements des barrières dans les allergies respiratoires et l’asthme
Encadrants : Pr Antoine Magnan (UMR1087 IT) / Dr Grégory Bouchaud (UR1268 BIA)
Doctorante : Eléonore Dijoux - Thèse 2 : Étude des Dysfonctionnements des barrières dans les MICI (Maladies Chroniques Inflammatoires de l’Intestin)
Encadrants : Dr Malvyne Rolli-Derkinderen (UMR1235 TENS) / Dr Marie Bodinier (UR1268 BIA)
Doctorante : Amélie Le - Thèse 3 : Étude des Dysfonctionnements des barrières dans les pathologies développementales
Encadrants : Dr Michel Neunlist (UMR1235 TENS) / Dr Patricia Parnet (UMR1280 PhAN) / Dr Samuel Chaffron (UMR6004 LS2N)
Doctorante : Johanna Zoppi - Thèse 4 : Étude de la contribution des vésicules extracellulaires issues du microbiote dans la physiopathologie des atteintes hépatiques
Encadrants : Dr Ramaroson Andriantsitohaina (UMR1063 SOPAM) / Dr Jérôme Boursier (EA3859 HIFIH) - Thèse 5 : Développement d’outils d’étude et de ciblage des barrières
Encadrants : Dr Axelle Renodon-Cornière (UMR1232 CRCINA) / Dr Maxime Mahé (UMR1235 TENS)
Doctorante : Aurélie Loussouarn
Doctorant : Alexandre Villard
Deuxième étape : animer le réseau pour insuffler une dynamique
Dans l’optique d’instaurer des temps d’échanges entre les membres de MiBioGate et les personnes intéressées par les sujets de recherche autour des thématiques phares du consortium, environ 6 séminaires par an ont été organisés par Carine Gimbert. Des intervenants à la fois du consortium et membres extérieurs venaient présenter leur sujet de recherche comme par exemple « Antibiorésistance /Phagothérapie » ou encore « Outils de modulation du microbiote : le transfert de microbiote » afin de permettre aux scientifiques du réseau d’ouvrir leur esprit sur d’autres thématiques, d’autres recherches, et peut-être faire des rapprochements avec leurs études pour trouver de nouvelles idées. Ces séminaires ont un franc succès et réunissent entre 50 et 80 personnes.
Les personnes prenaient le temps d’échanger lors de ces séminaires et ça a permis de renforcer leurs liens et de faire émerger d’autres projets.
À chaque fin d’année, MiBioGate organise un congrès annuel pour permettre aux scientifiques du consortium de présenter leurs résultats de recherche et voir les avancées de chacun concernant les objectifs scientifiques fixés initialement.
Des réunions de suivis (initialement deux fois par an, un peu plus espacées par la suite en raison de la crise sanitaire) ont également été mises en place pour faire le point sur les évolutions et ré-évaluer les besoins (financiers, humains, matériels…).
L’animation du réseau des doctorants a également été un point clé du bon développement du projet. Des réunions leurs étant dédiée ont fréquemment été organisées afin qu’ils n’aient pas l’impression d’être isolés et qu’ils puissent se réuni. Celles-ci leurs ont donné l’occasion de partager leurs connaissances, leurs avancées scientifiques, échanger sur leurs difficultés et s’entraider sur des expériences en laboratoires ou interpréter des résultats. Les sujets de thèses ont vraiment été complémentaires, tout comme les expertises des doctorantes et doctorants ainsi que leurs encadrants.
L’existence du consortium a été un élément clé pour mon épanouissement au cours de ma thèse. De plus, le fait d’être au milieu d’experts de différents horizons a été très enrichissant. J’ai eu l’impression de toujours avoir un.e expert.e prêt à répondre à mes questions, à me conseiller sur un protocole, à discuter… Il y vraiment eu une atmosphère bienveillante et enrichissante, je me sens chanceuse d’avoir été entourée du consortium.
institut du thorax (UMR 1087 Inserm/CNRS/Nantes Université)
Finalement le système de réseau pour des recherches atour d’une thématique commune comme MiBioGate a fait ses preuves : cela permet de réunir beaucoup de personnes autour d’un même objet de recherche et peut s’appliquer sur des disciplines bien différentes.
Dernière étape : développer les relations Sciences et Société
Les relations Sciences et Société ont une place de plus en plus importante chez les citoyens. Elles permettent d’apporter les clés de compréhension à toutes et à tous pour mieux développer leur esprit critique et prendre part aux débats publics. La communication vers le « grand public » et le public scolaire est une véritable volonté en région Pays de la Loire. Grâce à l’impulsion de la région mais surtout avec beaucoup d’initiatives des membres de MiBioGate, le consortium a été amené à participer à des évènements de culture scientifique, technique et industriel (CSTI) et à produire du contenu pour la société.
La vulgarisation est un point très important. Pour s’approprier un sujet, je dirais qu’il faut presque commencer par ça. Le simplifier, pour pouvoir l’expliquer à quelqu’un qui n’est pas du domaine.
CRCINA (UMR 1307 Inserm/CNRS/Nantes Université/Université d’Angers)
citation extraite du podcast « Détail de thèse : coopération »
Dès l’arrivée des premiers résultats, en parallèle des recherches, Carine Gimbert s’est occupée de créer différents supports de communication (alimentation du site internet, maquettes, etc.) pour les valoriser. Mais également d’organiser, de créer et de tenir un stand, à l’aide des chercheuses et chercheurs de MiBioGate, sur des événements grand public comme la Fête de la Science, la Semaine du cerveau, la Nuit Blanche des chercheurs ou encore InScience ; mais également sur des salons professionnels à destination d’industriels.
Depuis plusieurs années, le microbiote (notamment intestinal) est rentré dans le vocabulaire des français car il faut prendre soin de son « second cerveau » et donc du microbiote hébergé. C’est pourquoi il est apparu évident aux membres de MiBioGate de transmettre leurs connaissances sur LES microbiotes de notre corps, de leurs expliquer comment ils fonctionnent et comment des changements, de composition et/ou de fonctionnement, peuvent impliquer l’apparition de certaines pathologies. Et surtout cela permet de faire la lumière et le tri sur les informations qui peuvent être diffusées dans les médias, pour lutter contre les Fake News. Michel Neunlist a d’ailleurs participé à l’émission « E=M6″ en 2020 dédiée aux « mystères du ventre ».
Pour moi, ce qui est important dans cette réflexion, sur le rôle de l’implication du microbiote, de l’alimentation, etc, dans les maladies, c’est dire que finalement pour beaucoup d’entre-elles, on pourrait actuellement les prévenir plutôt que les traiter. Mes actions de communication servent la prévention des maladies. C’est un enjeu sociétal important qui est partagé par tout le monde.
TENS (UMR 1235 Inserm/Nantes Université)
et porteur du projet MiBioGate
En plus de participer à des évènements de culture scientifique, Carine a piloté plusieurs créations de contenus : épisodes de podcast en lien avec des articles sur le site internet de MiBioGate, portant sur les travaux de recherche notamment les 5 thèses du consortium, création d’une BD sur le microbiote qui paraîtra prochainement, création d’une petite exposition autour des sujets de thèse et des différents microbiotes…
© U1235Inserm/Clémence Casanova
Ces divers supports permettent à chacune et chacun de trouver le format qui lui convient pour en apprendre plus sur les mystères des microbiotes et comment la recherche avance pour améliorer la santé de toutes et tous !
Je pense que ça ne sert pas à grand chose de faire de la science si on ne l’explique pas au grand public. Les avancées scientifiques permettent à la société d’évoluer, de grandir, de se soigner. Si la société ne comprend pas la recherche, la recherche n’aura aucune valeur à leur yeux, et sans leur soutien nous ne pourrons pas avancer.
institut du thorax (UMR 1087 Inserm/CNRS/Nantes Université )
En savoir plus sur le projet MiBioGate
*Unités Mixtes de Recherches impliquées dans le Grand Ouest :
Article écrit par Camille Sicot – Chargée de communication à l’Inserm Grand Ouest
Remerciements : Carine Gimbert, Éléonore Dijoux et Michel Neunlist pour leur participation, Adeline Bouzet pour l’initiative.
