Effectif depuis janvier 2021, le Plan S impose de rendre les publications issues des recherches sur contrats publics immédiatement accessibles grâce à l’emploi de licences ouvertes. Le modèle des preprints constitue ainsi l’un des moyens pour atteindre cet objectif. L’analyse des dépôts sur les plateformes montre que les équipes Inserm ont adopté tôt et progressivement ce mode de communication de leurs recherches. Leur usage s’est considérablement renforcé en 2020 sous l’effet de la pandémie de Covid-19 qui a montré toute l’importance d’une diffusion rapide des résultats scientifiques.
Deux plateformes en particulier sont très appréciées par les chercheurs en sciences de la vie. La première, BioRxiv, a été lancée en 2013 par la communauté scientifique Accelerating Science and Publication in Biology (ASAPbio), avec l’aide de la fondation américaine Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL). Cette alliance a adapté les preprints aux spécificités des sciences biologiques, pour répondre aux réticences exprimées par les chercheurs, concernant la diffusion d’articles qui n’ont pas été relus par leurs pairs. Plus spécifiquement dédiée à la recherche médicale, MedRxiv, a été lancée sur le même modèle en 2019.
BioRxiv en croissance constante depuis 2013
L’analyse du nombre de dépôts dans BioRxiv par des équipes Inserm confirme une adhésion et une popularité croissantes :
- L’Inserm a déposé plus de 3000 preprints depuis 2013, dont plus d’un millier pour la seule année 2020.
- 46 % de ces preprints sont aujourd’hui publiés dans des revues « classiques », en open access ou par abonnement.
- En 2020, la majorité des articles déjà publiés a été déposée dans les six premiers mois de l’année.
- Le pourcentage de preprints publiés au cours de l’année augmente de façon évidente avec le temps.
- Les revues qui recueillent le plus grand nombre de preprints sont, dans l’ordre décroissant : Nature Communications, Scientific Reports, eLife, PLOS ONE, Cell reports, Nucleic Acids Research, Neuroimage et PNAS.
- Neuf articles ont été publiés dans Science, six dans Nature et 39 dans des titres dérivés de Nature : Nature Genetics, Nature Cell Biology, Nature Chemistry…
MedRxiv plébiscité pendant la pandémie
Passée de 21 preprints déposés par des équipes Inserm l’année de son lancement en 2019, à 307 l’année suivante (dont 77 publiés), la plateforme MedRxiv est devenue un moyen privilégié pour diffuser rapidement des travaux en lien avec la pandémie. Plus de la moitié des preprints, soit 174, ont trait à la Covid-19 ou au SARS-CoV2, avec un pic en avril-mai 2020.
Les avantages des preprints enfin reconnus
Le modèle des preprints est à l’origine du mouvement pour la science ouverte. Depuis la première plateforme, ArXiv, lancée en 1991 et gérée par l’université Cornell aux États-Unis, les scientifiques du domaine des sciences de la vie ont mis du temps à s’approprier les preprints. Le succès de BioRxiv et de MedRxiv semble attester que ces réticences sont en passe d’être levées. Les chercheurs accordent de plus en plus d’intérêt aux avantages du modèle, tels que :
- La diffusion rapide,
- La prise de date pour l’antériorité des résultats,
- La relecture élargie,
- La conservation des droits.
L’attribution d’un identifiant numérique d’objet (DOI) fait du preprint un objet citable qui peut être discuté par l’ensemble de la communauté scientifique et ainsi évoluer. Les chercheurs peuvent déposer plusieurs versions successives. Grâce aux licences CC-BY, les auteurs conservent les droits. Enfin, depuis 2017, les preprints sont reconnus par Aviesan comme une forme recevable de communication scientifique.
Soulignons que de plus en plus de revues acceptent de publier des articles disponibles sur ces plateformes. Les preprints peuvent être publiés dans certaines revues gold ou classiques. Une soumission directe est également possible et certaines revues encouragent même cette pratique. ELife préconise le dépôt sur BioRxiv ou MedRxiv en même temps que la soumission à la revue. Si les auteurs ne l’ont pas fait, ELife propose de le faire à leur place. Cette démarche pourrait être la norme d’ici 2021.
Attention toutefois à la question des brevets
Une publication sur les sites de preprints peut créer une antériorité qui empêcherait la protection de la recherche par un dépôt de demande de brevet. Pour sécuriser cette démarche, nous invitons les chercheurs à contacter Inserm Transfert.
Rapidité de publication mais aussi de rétractation
La crainte de la diffusion de résultats erronés demeure un frein au développement des preprints. Néanmoins, au cours de l’année écoulée, la recherche sur le coronavirus a montré que si ce modèle offre aux communautés scientifiques un moyen de publier rapidement leurs résultats, il permet également une rétraction tout aussi rapide des articles inexacts.
