Pouvez-vous vous présenter ?
Claudine Deloménie : Titulaire d’un doctorat en biologie cellulaire et moléculaire, je suis responsable opérationnelle de la plateforme de Transcriptomique au sein de l’IPSIT, depuis 2002. Hors utilisateurs de la plateforme, je fais équipe avec une assistante-ingénieure. Hébergée sur le campus de la Faculté de Pharmacie de l’Université Paris Saclay à Châtenay-Malabry et sur le centre de recherche Inserm de Clamart, notre Unité Mixte de Service (UMS) regroupe onze plateformes technologiques ayant chacune leur spécificité technique. Au carrefour de la chimie, de la biologie et de la clinique, nous collaborons aux recherches en innovation thérapeutique, en particulier sur les mécanismes biologiques à l’œuvre dans une pathologie ou en réponse à un traitement.
Plus spécifiquement, grâce à trois technologies principales (biopuces à ADN, PCR quantitative, séquençage), ma plateforme de transcriptomique offre ses compétences pour l’étude fonctionnelle des gènes au travers de leur expression transcriptionnelle (sous forme d’ARN). En effet, les équipes de biologie font appel à nous pour mieux comprendre les phénomènes physio-pathologiques au niveau moléculaire, dans le cadre de la recherche de nouveaux traitements pour des maladies cardiaques.
Parlez-nous de votre travail en cette période de crise sanitaire.
C.D. : Au sein de l’UMS, des personnels des deux animaleries ont été inclus dans le Plan de continuité d’activité (PCA). Avec une collègue assistante-ingénieure de notre site de Clamart, nous avons été incluse dans celui de la plateforme de Transcriptomique. Dès le début de la crise, nous avons dressé dans l’unité une liste de consommables (masques, gants, blouses, solvants…) pour en faire don aux structures hospitalières. A la mi-mars, j’ai été contactée par les chercheurs du département de microbiologie de l’Université Paris-Saclay – INRAE – AgroParisTech, et du département de viroloqie de l’Université Paris-Saclay – I2BC, ainsi que par les médecins du service de bactériologie de l’Hôpital Antoine-Béclère de Clamart. Ces derniers, réalisant des tests moléculaires, nous ont alertés sur leurs limites techniques et humaines pour réaliser des tests de dépistage virologique du SARS-CoV‑2. En plus du don de matériel, nous avons donc inventorié les équipements technologiques utiles tels que nos appareils de PCR en temps réel, et réuni une équipe de volontaires pour apporter des renforts. Par un décret du 23 mars, l’UMS-IPSIT fait partie des laboratoires publics habilités à effectuer ces tests. Dans cette optique, nous avons mis en place un plan d’action validé par les médecins de prévention de l’Inserm : application d’un protocole d’analyse validé par l’Institut Pasteur, utilisation d’un laboratoire L2 et organisation d’un planning. Si nous sommes sollicités, nous nous organiserons par roulement afin de pouvoir assurer jusqu’à 400 tests par semaine en plus de la reprise de nos activités.
En parallèle, un appel à projets* sur la gestion de la pandémie a été lancé par l’Université Paris-Saclay. Faisant le rapprochement avec une technique de PCR ultrasensible ‑dite digitale‑, j’ai activé mon réseau (Plateformes de Génomique de Paris-Saclay, GENOPS) et contacté la plateforme @BRIDGe de l’INRAE, qui est dotée de cette technique. Elle a tout de suite été partante pour que nous déposions ensemble un projet de recherche, en partenariat avec l’Hôpital Béclère. Nous proposons la mise au point d’un test de dépistage par RT-PCR, simplifié et plus robuste. Je suis également impliquée dans deux autres projets COVID-19 : le développement d’un test de dépistage par détection des protéines virales ainsi qu’une étude clinique sur l’évolution de la charge virale dans une cohorte asymptomatique. Si ces projets voient le jour, ils mettront à profit le protocole de dépistage du SARS-CoV‑2 mis en place à l’IPSIT. Je suis heureuse d’adapter mes activités de recherche et de me rendre utile en cette période d’urgence sanitaire. Enfin, en plus des recherches académiques qu’elle mène, ma plateforme est également prestataire de service pour un industriel. Notre client s’étant manifesté au début de la crise, nous nous devons d’honorer notre contrat en effectuant l’analyse d’échantillons et de données pour la mi-mai.
* Anticiper les recherches à lancer au sortir de la crise / Construire le monde de demain « pour un après Covid-19 soutenable »
Comment fonctionne un test PCR ?
C.D. : Les tests PCR sont indispensables pour établir une cartographie précise de l’évolution de la propagation du virus. Le test de dépistage que nous avons mis en place comporte plusieurs étapes. Il commence par un prélèvement nasopharyngé sur les patients, effectué à l’hôpital par un personnel médical habilité. La seconde étape, qui consiste à inactiver le virus par chauffage, est également effectuée à l’hôpital. La troisième étape consiste à extraire et purifier les acides nucléiques (contenant l’ARN viral) présents dans les prélèvements, ce qui nécessite un automate à haut débit, présent à l’hôpital. Ce dernier nous expédie alors les extraits par transporteur, dans un triple emballage de sécurité. Enfin, il faut amplifier les séquences de plusieurs gènes du virus par la technique de RT-qPCR pour savoir si le virus est présent dans le prélèvement initial. C’est au niveau de cette analyse moléculaire que nous intervenons, en tant que prestataire externe du service hospitalier, qui est accrédité pour ces tests. L’hôpital valide les résultats finaux et les transmet aux patients.
Avez-vous réussi à poursuivre certains travaux en télétravail ?
C.D. : Quand je ne suis pas au laboratoire dans le cadre du PCA et des prestations que j’assure, je travaille depuis mon domicile. J’assure des horaires courants de 9 h à 19 h avec une pause méridienne plus courte. Avant le confinement, je n’étais pas familière de ce mode de travail : nous sommes un laboratoire de service qui reçoit 40 à 50 utilisateurs sur l’année. Ma collaboratrice et moi-même sommes donc sollicitées pour former les chercheurs à l’utilisation des machines et les accompagner dans l’analyse et l’interprétation des résultats. J’ai donc quasi-instantanément basculé dans ce nouveau mode de travail à distance, et je suis agréablement surprise. Je travaille plus rapidement, notamment pour les travaux d’analyse de données et de rédaction de rapports ou d’articles. J’ai aussi réorienté les missions de ma coéquipière, qui est également en télétravail. Avec ses compétences en bioinformatique, elle travaille à la construction d’une base de données pour la plateforme.
Nous continuons d’avoir des échanges productifs au sein de l’Unité : nous avons des réunions de conseil de laboratoire plus fréquentes afin de bien préciser les objectifs de chacun, et en dehors de ces moments à effectif complet nous communiquons les uns avec les autres à travers des échanges plus fluides et des réflexions moins perturbées par le flux quotidien habituel.
C’est un mode de travail que vous pourriez adopter à la sortie du confinement ?
C.D. : Je suis de retour au laboratoire depuis lundi 11 mars mais je pense être en mesure d’introduire une dose de télétravail dans mon emploi du temps. Avec une plus grande qualité de concentration, je peux me focaliser sur de la rédaction, de l’analyse de résultats ou de la veille bibliographique. De plus, sans temps de transport, je suis à pied d’œuvre immédiatement. Je pense aussi développer les réunions en visioconférence ; cela peut être bénéfique pour que les pôles restent en lien les uns avec les autres car en attendant d’être réunies sur le plateau de Saclay en 2022, nos plateformes IPSIT sont pour l’instant dispersées entre différents bâtiments et sur deux sites. Je trouve que les réunions en visioconférence, impliquant des échanges mieux préparés et plus structurés, rendent la parole de chacun plus audible. De plus, durant les interventions orales, l’outil tchat permet d’ajouter de l’interaction sans encombrer les échanges oraux. Il est aussi plus facile, tout en suivant la réunion, d’agir immédiatement par l’envoi de messages et de fichiers, l’utilisation de l’agenda ou le travail collectif sur des documents partagés. Je souhaite donc mettre à profit cette découverte du télétravail et ses outils de travail à distance.
